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La variété des vins de Loire s’explique par les différences de contexte géologique et de climat, mais aussi par les nombreux et diverses cépages plantés dans cette région.
On distingue trois grands groupes de cépages, suivant leur provenance historique : les cépages de Loire, les cépages venus du Sud-Ouest et les cépages venus de Bourgogne.

- les cépages de Loire : le plus ancien cépage de Loire est le chenin noir ou pineau d’Aunis qui donne des rosés typés et friands mais qui ne se trouve plus qu’en Anjou et en Touraine. Un de ses dérivés, le pineau de la Loire ou chenin blanc, est le grand cépage d’Anjou et de Touraine. Il présente une maturation assez tardive et se plaît sur les terrains des coteaux du Layon, à Savennières, en Saumurois et à Vouvray.
Le sauvignon est aussi un cépage provenant de Loire, il domine en Touraine et est le seul admis pour la production des vins blancs de Sancerre, Pouilly-Fumé, Quincy, Menetou-Salon et Reuilly.

- les cépages venus du Sud-Ouest : il s’agit des cabernets du Bordelais et du côt de Cahors.
Le cabernet-franc, nommé breton en Loire, donne des vins rouge de garde et fruités sur les coteaux calcaires de Bourgueil, Chinon et Saumur-Champigny. Il est aussi présent dans la région de Brissac en Anjou et sur les vallées du Layon, où il donne les vins rouges AOC anjou-villages et anjou-villages-brissac, et des vins rosés.
Le côt est surtout cultivé en Touraine, et sa variété blanche, le romorantin, en Sologne, où il donne l’AOC cour-cheverny.

- les cépages venus de Bourgogne : le pinot noir est le cépage des vins rouges et rosés de Sancerre et connaît une progression dans le Centre. Le Chardonnay est en expansion, notamment pour l’élaboration du crémant-de-loire, en Touraine et en Anjou.
Il faut aussi parler du melon de Bourgogne, oublié dans sa région natale et qui a trouvé une terre d ‘accueil, dans le pays nantais, où on le nomme muscadet.